הטיפול בפסולת המוצקה כולל התייחסות לכלל הפסולות הנוצרות ברשויות האיגוד: פסולת עירונית מעורבת, תעשייתית, חקלאית, בניין, צמיגים, חומרים מסוכנים וכד'.

לחלק מסוגי הפסולת חוקקו חוקים ספציפיים ותקנות הבאים להסדיר את אופן הטיפול ויעדי הקצה.

במסגרת תפקידו מקדם האיגוד את כל הקשור בטיפול בפסולות הנוצרות ברשויות שבתחומו.

ליווי ותמיכה מקצועית ברשויות האיגוד מעניק להן ידע וכוח נוספים בתחום.

ואכן, חלק מרשויות האיגוד הן חלוצות בתחום הטיפול בפסולת בארץ.

האיגוד מפקח על אתרי הטמנת פסולת (אס"פ), תחנות מעבר לפסולת מעורבת ופסולת בניין, ועל משטחי פסולת גזם וגושית (מפג"ש) במועצות האזוריות.

בשנת 2011 התחילו בעיריית אשדוד ובמועצה אזורית ברנר בפרויקט "הפרדה במקור" של הפסולת האורגנית, והפיכתה לדשן אורגני. אולם, בשנים שלאחר מכן, השתנתה מדיניות המשרד להגנה"ס, והביאה להפסקת הפרויקט בשנת 2017.

אס"פ שריג

בשנת 2012 נסגר אס"פ "שריג" לפסולת יבשה בשל חריגות משמעותיות מתנאי רישיון העסק שלו.

בשנים שחלפו, נעשו ניסיונות שונים ע"י הבעלים להסדיר את החריגות ולפתחו מחדש. בפועל –  האתר סגור.

אס"פ רתמים

בשנת 2017 הסתיים פרויקט כיבוי אס"פ "רתמים". האס"פ, שנסגר בשנת 2003, החל לבעור ולגרום למפגעי עשן וריח בשנת 2012, וזאת בשל חפירות והצתות פיראטיות ע"י מחפשי מתכות.

בשנת 2014 התקבלה החלטת ממשלה על תקצוב לכיבוי הבעירות באתר.

עבודות הכיבוי נעשו במשך מספר חודשים ע"י קבלן עבודות עפר, בפיקוח ודיגומי שטח של מעבדה ייעודית לנושא.

אס"פ א.א. אשדוד

האס"פ נסגר בשנת 2004 ומיד לאחר סגירתו החלו בערות פסולת פנימיות עקב חפירות והצתות פיראטיות ע"י מחפשי מתכות. בשנת 2012 אושרה תכנית הכיבוי, אך בשל קשיים בירוקרטיים, התעכב פרויקט הכיבוי.

בשנת 2014 התקבלה החלטת ממשלה על תקצוב לכיבוי הבעירות באתר.

בשנים הבאות, הלכו הבעירות ודעכו מעצמן. בשנת 2018 התחדש הטיפול באס"פ.